Soft Matter and Complex Systems Seminar

Oddziaływania hydrofobowe przejawiają się jako tendencja do agregacji obiektów niepolarnych, znajdujących się w środowisku wodnym. W skali atomowej, wynikają one z reorganizacji wody dookoła zanurzonych w niej molekuł. Oddziaływania hydrofobowe z udziałem makrocząsteczek, o skomplikowanych zazwyczaj kształtach, choć odgrywają istotną rolę w wielu procesach chemicznych i biologicznych, pozostają wciąż słabo zbadane. Na seminarium zaprezentowane będą wyniki symulacji komputerowych dynamiki cząsteczek wody w pobliżu jak i w obrębie subnanometrowych wnęk o hydrofobowych ściankach. Symulacje te umożliwiły analizę fluktuacji gęstości wody w obrębie wnęk oraz zbadanie właściwości wiązań wodorowych cząsteczek wody znajdujących się w otoczeniu o hydrofobowym charakterze. Dzięki nim uzyskany również został potencjał średniej siły dla oddziaływania modelowego obiektu molekularnego z wnękami hydrofobowymi oraz jego zależność od rozmiarów wnęk.