Biophysics Seminar
2006/2007 | 2007/2008 | 2008/2009 | 2009/2010 | 2010/2011 | 2011/2012 | 2012/2013 | 2013/2014 | 2014/2015 | 2015/2016 | 2016/2017 | 2017/2018 | 2018/2019 | 2019/2020 | 2021/2022 | 2022/2023 | 2023/2024
2023-01-27 (Friday)
room B2.38, Pasteura 5 at 14:15 
dr Małgorzata Beręsewicz-Haller (Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego, PAN - Pracownia Biologii Molekularnej)Zrozumieć mechanizmy samoobrony mózgu
Niektóre regiony mózgu posiadają zdolność do samoobrony przed szkodliwymi warunkami. Owa samoobrona obejmuje jednoczesne działanie wielu ścieżek sygnałowych, które z jednej strony hamują mechanizmy wywołujące uszkodzenie, a z drugiej strony zapewniają komórkom zdolność do przezwyciężania warunków stresu. Obecnie badania mechanizmów leżących u podstaw tych właściwości mózgu wzbudzają duże zainteresowanie, gdyż poznanie ich może okazać się pomocne w poszukiwaniu skutecznych metod odbudowy mózgu. Celem tej terapii byłoby wzmocnienie i pobudzenie wewnętrznych procesów plastyczności i ochrony układu nerwowego, które uruchomią endogenną zdolność mózgu do samoobrony.
2022-12-16 (Friday)
room B2.38, Pasteura 5 at 14:15
mgr inż. Łukasz Charzewski (IFD UW)Formy MMP-9 oraz ich implikacje dla regulacji aktywności
Metaloproteinaza macierzy zewnątrzkomórkowej 9 (MMP-9) jest jednym najintensywniej badanych białek o właściwościach proteolitycznych. Ze względu na swoją specyficzność substratową pełni ważną rolę w licznych procesach fizjologicznych, wśród których można wskazać angiogenezę, plastyczność synaptyczną oraz regulację procesów zapalnych. Nadmierna aktywność MMP-9 powiązana jest m.in. z uszkodzeniem neuronów, przerywaniem bariery krew-mózg, progresją nowotworów oraz chorobami autoimmunologicznymi. Aktywność MMP-9 kontrolowana jest na wielu poziomach, jednak po wydzieleniu z komórki najbardziej istotne stają się aktywacja proteolityczna i inhibicja przez rodzinę białek zwaną tkankowymi inhibitorami metaloproteinaz (TIMP). W czasie wykładu zaprezentowane zostaną wyniki modelowania trzech form MMP-9 – monomeru, homotrimeru oraz dimeru z białkiem NGAL. Opracowane modele zostaną omówione także w kontekście oddziaływania z TIMP-1 – głównym inhibitorem MMP-9.
2022-12-15 (Thursday)
room B2.38, Pasteura 5 at 14:15
mgr Michał Ciach (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki UW)A modern approach to Mass Spectrometry Image segmentation with masserstein and spatial-DGMM
Due to their size and complexity, Mass Spectrometry Imaging (MSI) data sets often require computational approaches for statistical analyses.One of the typical steps in such analyses is image segmentation, which attempts to highlight regions with characteristic chemical compositions.To improve the quality of MSI data segmentation, we have combined the capabilities of two recently developed algorithms: masserstein and Spatial-DGMM. Separating the overlapping envelopes with masserstein allows us to discover the true regions of analyte concentrations, while incorporating the spatial dependencies between pixels with spatial-DGMM allows us to obtain segments that are more spatially consistent, and therefore easier to interpret and more meaningful biologically.