Seminarium Zakładu Biofizyki
sala nr 3091 (ICM, waście od strony Zakładu Biofizyki), al. Żwirki i Wigury 93
2009-05-22 (10:15) 
mgr Zofia Pilat (Zakład Biofizyki IFD UW)
Stałe kwasowości grup miareczkowalnych a energetyka denaturacji białek
W 2003 roku opublikowano w PNAS pracę, w której metodami spektroskopii NMR wyznaczono wartości pKa grup miareczkowalnych w natywnej i rozwiniętej strukturze białka SH3, współistniejących ze soba w roztworze wodnym, jednocześnie wyznaczając w tym samym eksperymencie populacje obu form w funkcji pH. Znając te populacje, określona została tzw. energia doświadczalna swobodna Gibbsa rozwijania białka w funkcji pH. Następnie, wykorzystując doświadczalne wartości pKa w obu stanach i prace Wymana i Tanforda, autorzy określili tzw. teoretyczne wartości energii Gibbsa rozwijania białka SH3. Autorzy otrzymali doskonałą, ilościową zgodność miedzy obydwiema zależnościami. Problemem z ich "teoretycznym" podejściem jest to, że otrzymane wartości pKa grup miareczkowalnych w strukturze zwiniętej i rozwiniętej zostały użyte w sposób właściwy dla grup nieoddziałujących ze sobą, w warunkach eksperymentalnych gdzie grupy te oddziałują elektrostatycznie. Przedmiotem seminarium będzie wpływ pominiętych oddziaływań na energię swobodną Gibbsa rozwijania białka Engrailed Homodein.