Seminarium Zakładu Biofizyki
sala nr 3091 ICM, waście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93
2009-12-18 (11:00) 
dr Joanna I. Sułkowska (Instytut Fizyki PAN i University of California San Diego)
Omijanie kryzysu w zwijaniu się białek z węzłami
Jedne z najbardziej skomplikowanych natywnych struktur białek zawierają zawęźlony łańcuch peptydowy. Ostatnio zostały zidentyfikowane białka zawierające węzły, które są scharakteryzowane liczbą skrzyżowań od 3 do 6. Zawęźlone struktury stanowią około 1% wszystkich białek zdeponowanych w PDB. Istnienie węzła w stanie natywnym zostało potwierdzone doświadczalnie, jednak mechanizm jego powstawania nadal nie jest znany. Nie jest także znana przyczyna posiadania węzła i jego związek z funkcją białka. Podczas seminarium dokonam przeglądu białek z węzłami. Zaproponuję teoretyczny mechanizm zawęźlenia białka, który został; potwierdzony w symulacjach dynamiki molekularnej dla białka o najkrótszym łańcuchu oraz dla białka zawierającego najbardziej skomplikowany z dotychczas zidentyfikowanych węzłów.