Seminarium Zakładu Biofizyki
Rola wyłączonej objętości, elektrostatyki i dalekozasięgowych oddziaływań hydrodynamicznych w asocjacji molekuł
Symulacje dynamiki brownowskiej (BD) to narzędzie pozwalające wyznaczać limitowane dyfuzyjnie stałe szybkości asocjacji molekuł. Komplementarne do technik eksperymentalnych rutynowe symulacje BD wykorzystują zarówno gruboziarniste jak i pełnoatomowe modele molekularne, umożliwiając stosunkowo dokładne modelowanie bezpośrednich oddziaływań pomiędzy partnerami wiązania. Oddziaływania hydrodynamiczne wynikające z ruchu rozpuszczalnika indukowanego ruchami dyfundujących molekuł są zazwyczaj w symulacjach BD pomijane. Powodem jest znaczny koszt obliczeniowy oraz brak teorii dającej się w łatwy sposób zastosować w przypadku molekuł biologicznych o skomplikowanych kształtach.
W trakcie seminarium przedstawione zostaną wyniki symulacji BD dotyczące asocjacji w układach oddziałujących hydrodynamicznie izotropowych i anizotropowych modelowych molekuł. Wyniki symulacji świadczą o znacznym całkowitym wpływie oddziaływań hydrodynamicznych na kinetykę asocjacji. Konsekwencją oddziaływań hydrodynamicznych jest również preferowanie określonych względnych orientacji asocjujących partnerów. Efekty hydrodynamiczne zależą od siły bezpośrednich oddziaływań molekularnych co może mieć znaczenie w przypadku zatłoczonego środowiska wnętrza komórek biologicznych.