Seminarium Zakładu Biofizyki

Bakteryjne rybosomalne miejsce A, odpowiadające za dokładność procesu translacji, jest celem dla antybiotyków aminoglikozydowych. Podobieństwa w sekwencji i strukturze rybosomalnego RNA u bakterii i u człowieka powodują wiązanie się antybiotyków również do ludzkiego wariantu miejsca A, czego skutkiem są poważne efekty uboczne tych leków. Symulacje dynamiki molekularnej zostały wykorzystane do porównania własności konformacyjnych wspomnianych wyżej wariantów miejsca A.

Bacterial ribosomal A-site, responsible for fidelity of translation process, is a target for aminoglycoside antibiotics. Similarities in the sequences and secondary structures of ribosomal RNA in bacteria and human result in non-negligible affinities of the antibiotics to the human A-site, which further causes serious side effects. Molecular dynamics simulations were used to compare conformational properties of the aforementioned A-site variants.