Seminarium Zakładu Biofizyki

Funkcjonalizacja struktury kapu za pomocą pierwszorzędowej grupy aminowej stwarza wiele nowych możliwości w badaniu procesów komórkowych zachodzących z jej udziałem. Dodatkowe modyfikacje w obrębie mostka trifosforanowego zwiększają trwałość kapu w warunkach in vivo, a także wpływają na siłę ich oddziaływania z białkami wiążącymi kap. Analogi posiadające linker diaminowy przyłączony w obrębie rybozy 7-metyloguanozyny są wbudowywane do łańcucha mRNA w procesie transkrypcji in vitro, tworząc funkcjonalne transkrypty. Te natomiast, w których linker przyłączony jest do rybozy drugiego nukleozydu posłużyły do skonstruowania złóż powinowactwa opartych o Sefarozę lub nanocząstki magnetyczne. Do sfunkcjonalizowanych analogów przyłączyć można również różnego rodzaju znaczniki molekularne, takie jak fluorofory czy biotyna, które umożliwiają lokalizację kapu lub „kapowanego” transkryptu w komórkach, a także oznaczanie jego stężenia. Zastosowanie różnej długości linkerów, pozwala na kontrolę ruchliwości znacznika lub zawady sterycznej w przypadku większych koniugatów.Podczas seminarium magistrant omówi właściwości oraz potencjalne zastosowania otrzymanych dotychczas dinukleotydowych analogów kapu, a także ich koniugatów.

Functionalization of the cap structure with primary amino group provides new possibilities in investigation of many cellular processes in which cap is involved. Additional modifications within triphosphate bridge increase its stability in vivo, as well as alter association constants of its complexes with cap-binding proteins. Analogues containing diamine linker attached at ribose of 7-methylguanosie are incorporated into mRNA chain during in vitro transcription, resulting in functional transcripts. Those with linker attached at the ribose of the other nucleoside were conjugated with Sepharose and magnetic nanoparticle and could serve as affinity resins for cap-binding proteins purification. Functionalized analogues could be labelled with various molecular tags, such as fluorophores or biotin, which enable localization of cap or capped mRNA in cells, as well as measurement of its concentration. Linkers varying in length enable the regulation of mobility of labels or the steric hindrance in case of larger conjugates.During the seminar, the properties and potential applications of amino-functionalized cap analogues and their conjugates obtained so far will be discussed.