Seminarium Zakładu Biofizyki

Uliniowienie sekwencyjne(MSA - multiple sequence alignment) bazuje na koncepcie, że reszty na odpowiadających sobie pozycjach w białkach homologicznych będą miały te same/podobne funkcje oraz na założeniu, że uliniowienie sekwencyjne może dobrze opisać podobieństwa strukturalne. Dlatego też dla białek nieustrukturyzowane zasady uliniowienia będą inne. Celem mojej pracy jest określenie tych zasad, zaimplementowanie ich w moim oprogramowaniu, oraz przetestowanie go na przykładach.

MSA(multiple sequence alignment) is based on the idea that residues at equivalent positions in homologous protein structures are performing equivalent functions, and the idea that a sequence alignment can describe well the structure similarity. Natively unfolded proteins, though, do not have a structure so the rules for their alignment will be different. The aim of my thesis is to determine these rules, to implement them in software, and to test this software on real-world examples.