Seminarium Zakładu Biofizyki

Podczas seminarium zostanie przedstawione opracowanie nowych analogów kapu, które mogłyby służyć do badań partnerów oddziałujących z kapem, w tym białek eIF4E i DcpS. w warunkach komórkowych Zsyntetyzowane analogi kapu zawierają w strukturze 6-tioguanozynę, która dzięki swoim właściwościom spektroskopowym, może zostać zastosowana do fotozszywania. Jako przykład tej techniki zostanie przedstawiony eksperyment mapowania kieszeni wiążącej kap występującej w mRNA kodującym histon H4. Dodatkową zaletą analogów kapu zawierających 6-tioguanozynę jest możliwość ich post-syntetycznego modyfikowania. Cechę tą wykorzystano do wprowadzenia znaczników fluorescencyjnych i nowych grup funkcyjnych, które pozwoliły na dalsze modyfikacje. Otrzymane związki stanową cenne narzędzia w badaniach biofizycznych i biologicznych nad procesami zależnymi od kapu.

Cap structure is recognized by many biomacromolecules It became a strong motivation for development of new tools for studies on cap-binding proteins, eIF4E and DcpS. During the seminar new cap analogues will be presented, which could be used as a tools for studies of in vivo cap-target interaction. The synthesized cap analogues containing 6-thioguanosine are useful for photo cross-linking experiments. They have been used for mapping the cap binding pocket of mRNA encoding histone H4. 6-thioguanosine is also useful for post-synthetic modification of cap analogues. It allows selective introduction of fluorescent dyes (coumarin, pyrene) and functional groups (carboxyl, alkyne) using S-alkylation reaction. Such compounds could be potentially useful as valuable tools in biophysical and biological investigations of cap dependent processes.