Seminarium Zakładu Biofizyki

Pochodne pirenu są szeroko stosowane do znakowania nukleotydów i kwasów nukleinowych. Znakowane nukleotydy posiadają ciekawe właściwości fluorescencyjne związane z tworzeniem ekscymerów, których emisja silnie zależy od otoczenia i lokalnego stężenia reszt pirenowych. W prezentacji zostanie przedstawiona metoda syntezy analogów końca 5’mRNA (kapu) znakowanych acetylopirenem w terminalnej pozycji łańcucha fosforanowego. Zbadana została zależność emisji ekscymerowej od takich czynników jak stężenie związku, temperatura, pH, rozpuszczalnik, czy też dodatek wygaszacza (tlenku grafenu). Znakowane nukleotydy mogą znaleźć zastosowanie do tworzenia biosensorów, służących do badania białek oddziałujących z końcem 5’mRNA, w tym eIF4E (marker nowotworowy) oraz enzymu degradacji kapu DcpS.

Pyrene derivatives are commonly used in fluorescent labeling of nucleotides and nucleic acids. Labeled nucleotides have interesting fluorescent properties due to formation of excimers, with the emission strongly dependent on chemical environment and local pyrene concentration. In the presentation, a method will shown for synthesis the mRNA 5’ end analogues labeled with pyrene at the terminal position of the oligophosphate chain. Properties of the synthesized compounds were studied by absorption and emission UV-Vis spectroscopy. Excimer fluorescence dependence on such factors as: compound concentration, temperature, pH, solvent and presence of quencher, graphene oxide, were studied. Labeled nucleotides can be applied to create biosensors for studying proteins, which bind the mRNA 5' end, including eIF4E (tumor marker) and decapping scavenger enzyme DcpS.