Seminarium Zakładu Biofizyki

Na przestrzeni ostatnich lat wyklarowało się nowe podejście w dziedzinie narzędzi przeznaczonych do modelowania molekularnego. Dotychczasowo narzędzia te stanowiły samodzielne aplikacje posiadające własne zestawy komend do przeprowadzania obliczeń dla układów molekularnych. Komunikacja pomiędzy programami zawierającymi różne uzupełniające się narzędzia była utrudniona, a wprowadzenie do nich nowych metod i/lub funkcjonalności wymagało bardzo dużych nakładów pracy. W nowym podejściu aplikacje zostały zastąpione zbiorem bibliotek napisanych w języku programowania Python, dzięki czemu komendy przeznaczone do wykonywania obliczeń molekularnych mogą być wywoływane z dowolnego, zintegrowanego środowiska programistycznego (IDE) obsługującego Pythona. Pozwala to w prosty sposób łączyć różnego typu narzędzia do modelowania molekularnego w jedno spójne zintegrowane środowisko o niespotykanej dotąd elastyczności. Ponadto, uzupełnianie dostępnych już narzędzi (w postaci gotowych bibliotek) o nowe opracowywane we własnym zespole modele/metody jest bardzo łatwe. Na seminarium zostanie przedstawione powyższe podejście w oparciu o zbiór bibliotek OpenMM oraz IDE Canopy.

In recent years a new approach in the field of tools for molecular modeling have appeared. Until now, these tools were alone applications with their own sets of commands to perform calculations for molecular systems. Communication between the programs containing different complementary tools was difficult and introducing new methods/functionalities to them required a very large amount of work. In the new approach the applications have been replaced by a set of libraries written in the Python programming language, which enabled to execute commands for molecular calculations within any integrated development environment (IDE) that supports Python. This made it possible to easily combine different types of molecular modeling tools in a single integratedenvironment with unprecedented flexibility. In addition, the supplement of already available tools (in the form of ready libraries) with the new tools developed by the research groups is very easy. At the seminar, the new approach based on a set of OpenMM's libraries and IDE Canopy will be presented.