Seminarium "Teoria i Modelowanie Nanostruktur"

Białka odgrywają rolę zasadniczo we wszystkich procesach biologicznych. Poznanie struktury i funkcjonowania tych makromolekuł wymaga uwzględniania gęstego środowiska wodnego, w którym się znajdują. Rola efektów hydratacyjnych białek może być analizowana poprzez obliczenia energii swobodnej hydratacji. Zaprezentowane zostaną wyniki precyzyjnych obliczeń energii swobodnej hydratacji białek metodą explicit i implicit solvent. Omówiona zostanie dokładność stosowanej metody PBSA (ang. Poisson-Boltzmann Surface Area) oraz problem doboru optymalnych parametrów: stałej dielektrycznej białka oraz napięcia powierzchniowego.

Proteins play crucial role in virtually all biological processes. Although our attention usually focuses just on the details of protein molecular structures, we shouldn’t forget that they naturally function in a dense aqueous environment. In theoretical approaches, the role of water can be investigated by calculations of hydration free energy. In order to quantify such solvent effects we developed a protocol allowing for precise calculations of protein hydration free energy with explicit and implicit solvent model. The comparison of results with estimates obtained with Poisson-Boltzmann method allows the assessment of accuracy of this most widely used implicit solvent model and shed light on problem with two important parameters: protein dielectric constant and surface tension.