Seminarium Zakładu Biofizyki

Utworzenie “kompleksu spotkaniowego” między cząsteczkami, stanowi zwykle wstęp do zajścia dalszych procesów. Wielkością charakteryzującą szybkość tworzenia kompleksu jest stała szybkości, o wymiarze iloczynu odwrotności stężenia i odwrotności czasu. Istnieje wiele metod doświadczalnych wyznaczania tych stałych szybkości. Jedną z nich jest nanosekundowa laserowa fotoliza błyskowa. Przedstawione zostaną zastosowanie tej metody w badaniach układu ksanton - kwas naftalenowy-2. Badania doświadczalne polegają na wykorzystaniu zdolności ksantonu do pełnienia roli donora energii wzbudzonego stanu trypletowego oraz zdolności kwasu naftalenowego-2 do pełnienia roli akceptora tej energii (zjawisko TETT, ang. triplet–triplet energy transfer). Wyniki otrzymane z przeprowadzonych eksperymentów zostały zanalizowane numerycznie za pomocą programu DynaFit, który pozwala na określenie stałych szybkości tworzenia kompleksów spotkaniowych oraz określa mechanizmy zachodzących procesów. Prowadzona w tym samym czasie analiza teoretyczna polegała na konstruowaniu modeli cząsteczek i symulacjach metodami dynamiki brownowskiej tworzenia przez nie kompleksów spotkaniowych.

Formation of an encounter complex of a ligand and a receptor usually leads to many biological processes. A quantity that characterizes the rate of formation of the encounter complex is the encounter rate constant (dimension: the product of the reciprocal of the concentration and the reciprocal of the time). There are many methods for the experimental determination of the rate constants. One of them, the nanosecond laser flash photolysis spectrometry, will be presented for xanthone - naphthalene-2 acid system. The experiments consisted in using xanthone ability to act as a donor of the excited triplet state energy and naphthalene-2 acid ability to act as an acceptor of that energy. The effect is called triplet-triplet energy transfer (TTET). The results obtained from the experiments were subjected to numerical analysis by Dynafit program, which allows to determine the rate constant of formation of an encounter complex and to determine mechanisms of the processes. Theoretical analysis of the results consisted in molecular models and Brownian molecular dynamics simulations.