Seminarium Zakładu Biofizyki

Syntetyczne analogii nukleotydów oraz kwasów nukleinowych są ważnymi narzędziami do śledzenia procesów biologicznych oraz cząsteczkami o znaczeniu terapeutycznym. Spektrometria mas jest nieocenioną techniką w analizie jakościowej i ilościowej nukleotydów naturalnie występujących w komórkach, ich syntetycznych analogów oraz metabolitów leków pochodzenia nukleotydowego. Dysponując ogromną bazą nukleotydów i ich analogów zawierających różne modyfikacje w obrębie mostka fosforanowego, rybozy oraz zasady wykonaliśmy widma fragmentacyjne ponad 200 nukleotydów i na ich podstawie sformułowano ogólne reguły dotyczące ścieżek fragmentacji tych związków. Badania zostały zebrane w postaci bazy danych, która jest już dostępna on line. Otrzymane wyniki mogą mieć zastosowanie w analizie leków i ich metabolitów, poszukiwaniu dotychczas nieznanych nukleotydów w komórkach jak również w szybkiej identyfikacji produktów syntezy chemicznej.

Synthetic analogs of nucleotides and nucleic acids are useful research tools and an emerging class of modern therapeutics. Mass spectrometry is an invaluable tool in identification and quantification of natural nucleotides, nucleotide-based drugs, and their metabolites. We used our ‘in-house’ collection of nucleotide analogs modified in the phosphate chain, nucleobase, and within ribose moiety to perform a broad study on fragmentation pathways of modified nucleotides. The results of MS/MS were collected in a form of data base which is available in a public domain. The results of the research and the database will be useful to researchers focused on investigation of nucleotide-based drug and prodrug metabolism, discovery of new natural nucleotide modifications in biological samples, as well as chemical syntheses of nucleotide analogs.