Seminarium Zakładu Biofizyki

Monitorowanie hybrydyzacji oligonukleotydów oraz oddziaływań białko-kwas nukleinowy jest niezbędne do prawidłowego zrozumienia funkcji tych biocząsteczek. Podczas prezentacji przedstawione zostaną synteza oraz badania 19F NMR oligonukleotydów wyznakowanych atomem fluoru na końcu 5'. Otrzymanie fluorowanych sond zostało zrealizowane konwencjonalnymi metodami syntezy 5'-fosforylowanych segmentów DNA, które następnie zostały przekształcone w 5'-fluorodifosforany w jednoetapowej reakcji, w której aktywowana podjednostka fluorofosforanu reaguje w obecności MgCl2 jako katalizatora Lewisa. Otrzymane oligonukleotydy zostały scharakteryzowane za pomocą spektroskopii UV-VIS i 19F NMR oraz wykorzystane jako sondy molekularne w badaniach powstawania dupleksów DNA. Wyznakowaną w ten sam sposób sekwencję TBA (ang. thrombin binding aptamer) wykorzystano do badań oddziaływania białko-ligand metodą 19F NMR.

Monitoring oligonucleotide hybridization and protein-nucleic acid interaction is crucial for understanding function and mechanism of action of those biomolecules. During the seminar the synthesis and 19F NMR studies of oligonucleotide probes labelled with fluorine at their 5’ end will be presented. To obtain the probes, 5’-phosphorylated oligonucleotides were synthesized using conventional phosphoramidite method. The 5’-phosphate was then converted into 5’-fluorodiphosphate in a one-step reaction with activated fluorophosphate unit in the presence of MgCl2 as Lewis-acid catalyst. Subsequently, the synthesized compounds were characterized by UV-VIS and 19F NMR spectroscopy. To verify whether the fluoro(di)phosphate oligonucleotide analogs are suitable for 19F NMR studies we monitored duplex formation with complementary oligonucleotides using 19F NMR. Furthermore, fluorine labelled TBA sequence (thrombin binding aptamer) was used in protein-ligand studies using 19F NMR spectroscopy.