Seminarium Zakładu Biofizyki

Oddziaływania białek z peptydami często wiążą się z dużymi zmianami konformacyjnymi, których badanie stanowi wyzwanie zarówno dla klasycznego modelowania molekularnego jak i dla metod doświadczalnych[1]. Stworzona niedawno metoda CABS-dock [2] służy do komputerowego dokowania peptydów do białek z uwzględnieniem ich giętkości. Metoda jest unikalna ze względu na możliwość modelowania dużych zmian konformacyjnych łańcucha białkowego, które mogą zachodzić podczas wiązania peptydu. Metoda CABS-dock została użyta do badania procesu tworzenia się kompleksu p53-MDM2. Kompleks ten, jako element układu regulującego cykl komórkowy, jest obiecującym kandydatem na cel terapeutyczny leków przeciwnowotworowych. Proces tworzenia się kompleksu p53-MDM2 jest poza zasięgiem standardowych, pełnoatomowych metod modelowania ze względu na towarzyszące mu duże zmiany konformacyjne receptora MDM2 i peptydu p53. Wyniki otrzymane metodą CABS-dock są zgodne z dostępnymi danymi doświadczalnymi oraz wskazują na możliwą rolę nieustrukturyzowanych regionów MDM2 w procesie wiązania p53 [1]. Podczas seminarium zostaną zaprezentowane wyniki dokowania kompleksu p53-MDM2 wraz z krótkim wprowadzeniem do metody CABS-dock. Metoda CABS-dock jest dostępna jako serwer obliczeniowy pod adresem http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/.1. Ciemny, M. P.; Debinski, A.; Paczkowska, M.; Kolinski, A.; Kurcinski, M.; Kmiecik, S., Protein-peptide molecular docking with large-scale conformational changes: the p53-MDM2 interaction. Sci Rep 2016, 6, 37532.2. Ciemny, M.; Kurcinski, M.; Kozak, K.; Koliński, A.; Kmiecik, S. Highly flexible protein-peptide docking using CABS-dock. In Methods in Molecular Biology; 2017; Vol. 1561, pp 69-94.

Protein-peptide interactions are often associated with large-scale conformational changes that are difficult to study either by classical molecular modelling or by experiment [1]. A recently developed CABS-dock [2], method for flexible protein-peptide docking is unique in the ability to model large-scale rearrangements of a protein chain during docking simulation. The CABS-dock was applied to simulate the formation of the p53-MDM2 complex – an element of the cell cycle regulation system crucial for anti-cancer drug design. The formation of p53-MDM2 complex is beyond the reach of standard all-atom modelling tools because it involves large-scale conformational changes of both the MDM2 receptor and the p53 peptide. The results from CABS-dock simulations matched well the experimental data and provided new insights into the possible role of the disordered MDM2 fragment in p53 bind 1. During the seminar, the obtained results will be presented together with a brief introduction to the CABS-dock methodology. The CABS-dock is freely available as a web server at http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/.1. Ciemny, M. P.; Debinski, A.; Paczkowska, M.; Kolinski, A.; Kurcinski, M.; Kmiecik, S., Protein-peptide molecular docking with large-scale conformational changes: the p53-MDM2 interaction. Sci Rep 2016, 6, 37532.2. Ciemny, M.; Kurcinski, M.; Kozak, K.; Koliński, A.; Kmiecik, S. Highly flexible protein-peptide docking using CABS-dock. In Methods in Molecular Biology; 2017; Vol. 1561, pp 69-94.