Seminarium Zakładu Biofizyki

Zjawisko agregacji DNA, pomimo wielu lat badań, wciąż nie zostało do końca wyjaśnione. Ostatnie odkrycie [1] wpływu jonów magnezowych w zatłoczonym środowisku na DNA przybliża nas do poznania zasad jakimi rządzi się agregacja tego biopolimeru. Pomimo wykorzystania jonów dwuwartościowych, które do tej pory były uznawane za zbyt słabe do spowodowania agregacji [2], udało się otrzymać pożądany efekt. Poznanie mechanizmu agregacji DNA jest ważne, ponieważ zjawisko to występuje w żywych komórkach niezależnie od jego długości. Znakomitą metodą do badania agregacji DNA jest FCS (spektroskopia korelacji fluorescencji). Pozwala ona na szybkie sprawdzenie czy agregacja następuje oraz umożliwia kontrolę nad próbką na każdym etapie eksperymentu.[1] Hou S., Trochimczyk P., Sun L., Wisniewska A., Kalwarczyk T., Zhang X., Wielgus- Kutrowska B., Bzowska A., Holyst R. (2016) How can macromolecular crowding inhibit biological reactions? The enhanced formation of DNA nanoparticles, Scientific Reports 6: 22033. doi: 10.1038/srep22033. [2] Flock, S., Labarbe, R., and Houssier, C. (1996) Dielectric constant and ionic strength effects on DNA precipitation, Biophysical Journal 70, 1456.

Despite many years of study, DNA aggregation has not been fully explained yet. Latest discovery [1] of magnesium ions being able to promote creation of aggregates in crowded environment, contrary to previous results [2], can be an example. It is essential to understand how and why DNA aggregates, mostly because this phenomenon occurs in all living cells, no matter how long are the DNA fragments. An excellent method to study formation of DNA aggregates is FCS (fluorescence correlation spectroscopy), which makes it possibile to monitor and control the aggregation process in the sample.[1] Hou S., Trochimczyk P., Sun L., Wisniewska A., Kalwarczyk T., Zhang X., Wielgus- Kutrowska B., Bzowska A., Holyst R. (2016) How can macromolecular crowding inhibit biological reactions? The enhanced formation of DNA nanoparticles, Scientific Reports 6: 22033. doi: 10.1038/srep22033. [2] Flock, S., Labarbe, R., and Houssier, C. (1996) Dielectric constant and ionic strength effects on DNA precipitation, Biophysical Journal 70, 1456.