Seminarium Zakładu Biofizyki
sala B2.38, ul. Pasteura 5
2017-04-21 (15:00) 
Mateusz Majtczak (IFD UW)
Porównanie dokowania "na sztywno" i "giętkiego" małych cząsteczek do ryboprzełącznika TPP
Comparison of rigid and flexible docking of small molecules to the TPP riboswitch
Napisany został skrypt umożliwiający automatyczne dokowanie przy pomocy programu DOCK6. Wykorzystano grupę 1800 ligandów uzyskanych 3 odrębnymi metodami. Tarczami były 2 cząsteczki ryboprzełącznika TPP. Porównano wyniki dokowania "na sztywno" i dokowania "giętkiego".
Automatic docking by DOCK6 program was applied for two TPP riboswitch molecules as a target and a set of almost 1800 ligands, obtained by 3 different procedures. Two modes of the program, "rigid docking" and "flexible docking", were compared by scores.