Seminarium Zakładu Biofizyki

Zależność między konformacją przestrzenną genomu a jego sekwencją – unikalnym dla danej osoby wzorem wariantów strukturalnych, tj. delecji, duplikacji, insercji, inwersji pozostaje nieznana. Stworzona niedawno obliczeniowa metoda 3D-GNOME [1] pozwala na wieloskalowe modelowanie trójwymiarowej struktury chromatyny, sięgając rozdzielczości pojedynczych pętli chromatynowych [2]. Wykorzystano to narzędzie, aby zaproponować pierwszą metodę modelowania powodowanych pojawieniem się wariantów strukturalnych zmian w ułożeniu przestrzennym chromatyny na poziomie domen topologicznych.[1] Szałaj et al., An integrated 3-Dimensional Genome Modeling Engine for data-driven simulation of spatial genome organization, Genome Res. 26, 1697, 2016.[2] Tang et al., CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription, Cell 163, 1611, 2015

The relation between three-dimensional conformation of a genome and its unique, individual pattern of structural variants, such as deletions, duplications, insertions, inversions remains a fundamental question. A recently developed computational method 3D-GNOME [1] is able to model three-dimensional structure of chromatin on multiple scales reaching the high resolution scale of individual chromatin loops [2]. The tool was used to propose the first approach to modelling conformational changes induced by structural variants on the level of chromatin topological domains.[1] Szałaj et al., An integrated 3-Dimensional Genome Modeling Engine for data-driven simulation of spatial genome organization, Genome Res.26, 1697, 2016. [2] Tang et al., CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription, Cell 163, 1611, 2015