Seminarium Zakładu Biofizyki

Receptory należące do klasy GPCR (G-protein coupled receptors) to białka błonowe, uczestniczące w wielu kaskadach sygnalizacyjnych. Stanowią ważną grupę celów molekularnych przy projektowaniu leków. Z powodu trudności w otrzymaniu struktury krystalograficznej, w przypadku badania receptorów GPCR duże możliwości dają metody teoretyczne. Interesujące są kompleksy receptor – peptyd, gdyż istnieje jedynie kilka struktur krystalograficznych takich kompleksów. Narzędzie CABSdock służy do przewidywania struktury kompleksu białko – peptyd. Wykorzystuje model gruboziarnisty białka i peptydu, stanowi więc stosunkowo mało kosztowną obliczeniowo metodę. Podczas seminarium opowiem o zastosowaniu metody do przewidywania struktur kompleksów GPCR – peptyd.

Members of the GPCR protein class (G-protein coupled receptors) are membrane proteins involved in many signalling pathways. They make up for a large group of targets for drug design. Due to the difficulty of resolving their spatial structure, theoretical methods are especially promising means of investigating GPCR receptors. Particularly interesting are receptor-peptide complexes, as only a few crystallographic structures of them are known so far. The CABSdock tool allows the prediction of the structure of protein-peptide complexes. It exploits a coarse-grained model of proteins and peptides, which is a relatively efficient computing method. During this seminar I will go through the applications of CABSdock in prediction of the protein-peptide complexes structure.