Seminarium Zakładu Biofizyki

Symulacje dynamiki molekularnej są prowadzone w środowisku wodnym, jednak w żywych komórkach, w których funkcjonują białka, stężenie makrocząsteczek dochodzi do 30%. Aby uwzględnić zatłoczone środowisko (crowding) w symulacjach pełnoatomowych, zaprojektowałam gruboziarniste crowdery, których można używać w NAMDzie. Crowdery udają naturalne środowisko komórkowe oraz przyspieszają symulacje. Podczas prezentacji zostaną omówione techniczne aspekty modelu oraz parametry "crowderów".

Molecular dynamics simulations of proteins are conducted in water environment, but living cells, where the proteins function, are crowded by macromolecules in up to 30%. To incorporate crowding into all-atom simulations I designed coarse-grained NAMD friendly crowders. They mimic natural cellular environment and also speed up the simulation. During the talk, technical aspects of the model will be explained and the parameters will be discussed.