Seminarium Zakładu Biofizyki
sala B2.38, ul. Pasteura 5
2018-10-26 (14:15) 
mgr Maciej Ciemny (IFD UW)
CABS-flex i CABS-dock - zintegrowane środowisko symulacyjne do prowadzenia symulacji giętkości białek i przewidywania struktur ich kompleksów z peptydami oparte o gruboziarniste statystyczne pole siłowe
CABS-flex and CABS - an integrated simulation environment for flexibility modeling of proteins and protein-peptide docking using coarse-grained statistical force field
Giętkość konformacyjna białek jest kluczowa dla ich funkcjonalności. Niestety, stosowanie tradycyjnych narzędzi do prowadzenia symulacji giętkości białek pozostaje kosztowna obliczeniowo dla dużych (a przez to interesujących) układów molekularnych. Podczas seminarium zostaną zaprezentowane nowo stworzone wersje narzędzi CABS-flex i CABS-dock, przygotowanych w języku Python paczek umożliwiających prowadzenie szybkich symulacji giętkości oraz dokowania białko-peptyd. Narzędzia oraz ich szczegółowa dokumentacja są dostępne na stronach bitbucket.org/lcbio/cabsdock i bitbucket.org/lcbio/cabsflex.
The conformational flexibility of protein structures is crucial for their functions. However, simulations of protein flexibility using classical modeling tools remain computationally costly for most of large (and thus interesting) protein systems. Here, newly developed versions of CABS-flex and CABS-dock standalone, which are Python packages for highly efficient simulations of protein-peptide docking and protein structure flexibility will be presented. The applications and documentation are available at bitbucket.org/lcbio/cabsdock and bitbucket.org/lcbio/cabsflex.