Seminarium Zakładu Biofizyki

W ramach pracy magisterskiej poszukiwane są zabronione motywy drugorzędowej struktury RNA, czyli takie, do których nigdy nie zwinie się żadna sekwencja nukleotydów. Rozważane są teoretycznie możliwe drugorzędowe struktury RNA o wybranych topologiach: spinki (ang. hairpin loop), pętli wewnętrznej (ang. internal loop) oraz multipętli (ang. multi loop), ale bez pseudowęzłów. Odpowiedź na postawiony problem zależy od szczegółów algorytmu przewidywania struktury (tzw. parametrów Turnera, temperatury, dopuszczenia struktur niekanonicznych). Do przewidywania struktury RNA użyto pakietu ViennaRNA [https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/].

We are looking for forbidden motifs of the RNA secondary structure, i.e. motifs that no nucleotide sequence can fold into. Theoretically possible structures of RNA are considered with specific topologies: hairpin loops, internal loops, and multiloops, but without pseudoknots. The answer depends on the details of the energy function used during the structure prediction, as well as on temperature and whether the non-canonical base-pairings are considered. The secondary structure prediction has been performed using the ViennaRNA package [https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/].