Seminarium Zakładu Biofizyki

Celem pracy jest opracowanie uniwersalnej metody projektowania peptydu, pozwalającej na automatyczne zaprojektowanie cząsteczki wiążącej się ze wskazanym miejscem na powierzchni białka. Wykorzystane zostanie oprogramowanie CABSdock, które pozwala osiągnąć wyniki dokowania białko-peptyd o wysokiej zgodności z wynikami eksperymentalnymi. CABSdock operuje na modelach gruboziarnistych, co przyspiesza proces badawczy ze względu na mniejszą złożoność obliczeniową w porównaniu do operacji na modelach pełnoatomowych. Białkiem wybranym do testowania projektowanej metody będzie MMP-9. Wysoka różnorodność kompleksów angażujących MMP-9 stanowi wyzwanie dla precyzyjnej kontroli aktywności jej zróżnicowanych funkcji biologicznych . Opracowanie peptydu wiążącego się w wybranym miejscu może pomóc kontrolować aktywność MMP-9 w jego wybranych stanach poprzez ograniczenie dostępności wybranych elementów interfejsu.

The purpose of the research is to develop a universal method of designing a peptide, which allow for an automatic prediction of a molecule which would bind with a particular region on the surface of a protein. For this purpose the CABSdock software will be applied. This software allows to achieve results of protein-peptide docking highly consistent with experimental findings. CABSdock operates on coarse-grained protein models, which accelerates the process due to lower computational complexity in the contrast to operations on full-atomics models. The protein, which is chosen to testing of developed method is MMP-9. high diversity of its complexes renders it difficult to precisely control its activity in many biological functions. The modeling of peptide which will be able to bind precisely to selected site, will be helpful in controlling the MMP-9 activity in various states by restriction of interface accessibility .