Seminarium Zakładu Biofizyki

Dostępne zasoby zaczynają nam pozwalać na prowadzenie symulacji pełnoatomowych systemów, które zawierają więcej niż jedną makrocząsteczkę. Jednak pola siłowe których używamy mają tendencję do zawyżania oddziaływań między nimi, co prowadzi do nadmiernej agregacji białek (i nie tylko) w trakcie symulacji. Podczas prezentacji opiszę znane przypadki symulacji w których wystąpiła nadmierna agregacja oraz sposób radzenia sobie z tym problemem dla pola siłowego CHARMM.

Available resources now allow us to conduct all-atom MD simulations of the systems that contain more than one macromolecule. However, the used force fields tend to overestimate the interactions between the molecules, which leads to excessive aggregation of proteins and other polymers. During the seminar I will present some known cases of simulations, in which the aggregation occurs and the way of dealing with this problem for the CHARMM force field.