Seminarium Zakładu Biofizyki
sala B2.38, ul. Pasteura 5
2022-06-03 (14:15) 
Damian Sztuczka (Zastosowania Fizyki w Biologii i Medycynie, Projektowanie Molekularne i Bioinformatyka, WF UW)
Mechaniczne rozciąganie pseudowęzłów z wirusów RNA — porównanie eksperymentów AFM z symulacjami gruboziarnistymi
Pseudowęzły są często spotykanym motywem struktury RNA. Pełnią one istotną rolę w szczególności w funkcjonowaniu wielu wirusów RNA (SARS, HERV lub VMV), gdzie regulują one proces translacji. Kilka lat temu w Proceedings of the National Academy of Sciences pojawił się artykuł opisujący eksperyment, którego celem było sprawdzenie odporności struktur pseudowęzłów na rozciąganie. Autorzy pracy wykonali doświadczenie polegające na rozciąganiu różnych, wirusowych pseudowęzłów RNA przy pomocy mikroskopu sił atomowych (AFM).Celem mojej pracy było sprawdzenie czy możliwe jest zasymulowanie tego eksperymentu stosujący reprezentację zredukowaną łańcucha RNA. Programem SimRNA wykonałem symulacje rozciągania pseudowęzła RNA wirusa SRV1.Opowiem jak przebiegały symulacje, jakie uzyskałem wyniki i do jakich doszedłem wniosków.